W centralnym punkcie katedry na Wawelu – uchodzącej za symbol polskiej państwowości i duchowości – znajduje się nazywany „Ołtarzem Ojczyzny” grób św. Stanisława ze Szczepanowa, biskupa i męczennika.
Stanisław rządził krakowską diecezją w latach 1072-1079. Zabiegał o szerzenie wiary chrześcijańskiej w ochrzczonej przed zaledwie stuleciem Polsce, a zarazem dążył do uniezależnienia polskich diecezji od metropolii w Magdeburgu. W 1075 roku poparł starania księcia Bolesława Szczodrego o królewską koronę. Jednak wkrótce między duchownym a władcą wybuchł konflikt. Biskup miał ponoć dopuścić się zdrady, upominając króla za sianie zgorszenia, złe postępowanie i okrucieństwo wobec poddanych. Wedle innej wersji między świeckim i kościelnym ośrodkiem władzy doszło do konfliktu politycznego i król oskarżył biskupa o spisek. W 1079 roku Stanisław został na rozkaz króla (a według niektórych wersji nawet z jego ręki) zgładzony podczas mszy odprawianej w kościele na Skałce, a następnie poćwiartowany. Jednak ciało zrosło się w cudowny sposób, a postać zamordowanego hierarchy zaczęły otaczać legendy i rosnący kult. Szerzyła się wiara w dokonywane przez niego już za życia cuda, wśród których najsłynniejsza jest historia o Piotrowinie – wskrzeszonym, by świadczyć na rzecz biskupa w sądowym sporze. Do grobu Stanisława zaczęły przybywać pielgrzymki i już w 1088 roku jego relikwie przeniesiono ze Skałki do wawelskiej katedry. Po 1138 roku na ziemiach polskich nastał trwający blisko dwieście lat okres rozbicia dzielnicowego, czyli zaniku centralnej władzy i podziału kraju na drobne księstwa. Opowieść o biskupie nabrała wówczas symbolicznego znaczenia: dawała nadzieję, że podobnie jak zrosły się członki Stanisława, tak nastąpi ponowne zjednoczenie państwa cierpiącego za świętokradczy czyn króla Bolesława. Do tej wizji Polacy powracali często w trudnych momentach, szczególnie w XIX wieku, gdy podzielona i zagarnięta przez ościenne mocarstwa ojczyzna zniknęła z mapy Europy.
Kanonizacja męczennika odbyła się w 1253 roku w Asyżu, a 8 maja 1254 roku jego relikwie złożono na ołtarzu pośrodku katedry. Odtąd ten właśnie dzień obchodzony jest jako jego święto, a tradycyjnie w następującą po nim niedzielę odbywa się procesja z relikwiami polskich świętych z Wawelu na Skałkę. To jedna z najważniejszych religijnych uroczystości w Polsce, w której wielokrotnie uczestniczył Karol Wojtyła, przyszły papież Jan Paweł II, a kilka razy także ks. kardynał Józef Ratzinger, późniejszy Ojciec Święty Benedykt XVI.
Przez wieki przy grobie nazwanego „Ojcem Ojczyzny” św. Stanisława odbywały się koronacje królewskie, polscy władcy składali tu wota i wojenne trofea (umieszczono tu m.in. sztandary krzyżackie zdobyte w 1410 roku w bitwie pod Grunwaldem – wygranej, jak wierzono, za sprawą wstawiennictwa świętego), a także fundowali wspaniałe ołtarze i relikwiarze. Obecne barokowe mauzoleum w formie baldachimowego ołtarza wykonanego z marmuru i złoconego brązu pochodzi z XVII wieku. Umieszczono na nim figury patronów Polski, posągi Ewangelistów oraz płaskorzeźby aniołów. Relikwie świętego spoczywają w podtrzymywanej przez anioły srebrnej trumnie ozdobionej scenami z życia Stanisława i jego cudów.
W 1963 roku papież Jan XXIII ustanowił św. Stanisława wraz ze św. Wojciechem i Najświętszą Marią Panną Królową Polski pierwszorzędnym Patronem Polski.

Bilety do katedry normalny 14, ulgowy 8 zł, grupowy 12/7 zł