Skałka, podobnie jak wzgórze wawelskie, należy do miejsc o długiej i bogatej historii sięgającej epoki kamienia, a jej nowożytne dzieje nie tylko mocno zespoliły się z historią narodu polskiego, ale także obrosły w liczne legendy.

Kościół na Skałce kojarzony jest przede wszystkim z męczeńską śmiercią krakowskiego biskupa Stanisława ze Szczepanowa, patrona Polski, oraz z obecnymi tu za sprawą Jana Długosza ojcami paulinami.

Biały kościół na niewielkim wzniesieniu, częściowo otoczony wysokim na 5 metrów kamiennym murem, skrywa niejedną tajemnicę. Tą najbardziej nurtującą (zwłaszcza historyków) jest wspomniana już śmierć biskupa Stanisława w 1079 roku. W wyniku konfliktu z królem Bolesławem Śmiałym biskup został przez niego skazany na śmierć przez obcięcie członków, niektórzy zaś podają jakoby sam król podniósł na niego miecz. Brutalnego morderstwa miano dokonać podczas sprawowania przez biskupa mszy św. w kościele na Skałce. Wincenty Kadłubek w Kronice polskiej, w której obok faktów, tradycji i mitów jest też i wiele poetyckiej fantazji, pisał, że porozrzucanych przed kościołem, pokrwawionych części ciała biskupa Stanisława pilnowały wielkie orły, a gdy dotarli tam zwabieni dziwnym światłem i jasnością ludzie, znaleźli ciało biskupa zrośnięte i bez żadnych znaków blizn. Pierwotnie biskupa pochowano właśnie na Skałce, a po 10 latach trumnę przeniesiono do wawelskiej katedry, gdzie gromadziły się tłumy pielgrzymów.

Dzisiejszy kościół na Skałce jest prawdopodobnie trzecim z kolei, jaki stanął w tym miejscu. Pierwotną romańską rotundę św. Michała Archanioła, w której miał zginąć bp Stanisław, przebudowano na modłę gotycką z fundacji Kazimierza Wielkiego w XIV wieku. Ten zaś kościół, zniszczony podczas najazdu Szwedów w połowie XVII wieku, zdecydowano się rozebrać. Ostateczny wygląd obecnej – barokowej – budowli, w tym także monumentalne dwubiegowe schody prowadzące do wnętrza świątyni, zawdzięczamy warszawskiemu architektowi Antoniemu Solariemu. Nowemu kościołowi nadano podwójne wezwanie: św. Michała Archanioła oraz św. Stanisława Biskupa i Męczennika. Wówczas także połączony z kościołem klasztor oo. Paulinów zyskał wygląd renesansowego zamku w stylu włoskim.

Obecnie wewnątrz kościoła, w ołtarzu kaplicy św. Stanisława, możemy zobaczyć pień, na który w momencie śmierci padły krople krwi biskupa. Na ścianie kaplicy, za szklanym oculusem umieszczono zachowane resztki kamiennych stopni ołtarza, na których rozsierdzony król miał zabić męczennika. Ważnym miejscem kultu biskupa stała się położona obok kościoła sadzawka. Według jednej z wersji legendy to do niej orły przeniosły poćwiartowane zwłoki biskupa, które tam cudownie się zrosły. Z końcem XVII wieku sadzawkę obudowano i ogrodzono, a na jej środku stanął barokowy posąg świętego męczennika. Tutejsza woda miała wedle wierzeń posiadać właściwości lecznicze, szczególnie zbawienne dla chorób oczu i skóry.

Co roku w pierwszą niedzielę po 8 maja (czyli po święcie św. Stanisława) wierni, niosąc relikwie biskupa i innych świętych, przemierzają trasę z Wawelu na Skałkę. Tradycja ta sięga czasów kanonizacji biskupa, czyli 1253 roku. Także polscy królowie w przeddzień koronacji pielgrzymowali na Skałkę. Była to forma pokuty za czyn Bolesława Śmiałego.

Pod bazyliką znajduje się Krypta Zasłużonych.

Zobacz także:

• XVIII-wieczne organy – dzieło Józefa Weissmanna, posiadają wyjątkowo piękny prospekt, o bogatej dekoracji motywów
• W ołtarzu głównym znajduje się obraz Tadeusza Kuntzego (z XVIII wieku), przedstawiający patrona świątyni św. Michała Archanioła, strącającego Lucyfera
• Ołtarz boczny Matki Bożej Częstochowskiej, z obrazem autorstwa Jana Nepomucena Grotta i bogatymi wotami i ozdobami
• Neobarokowe stalle, ozdobione płaskorzeźbami przedstawiającymi sceny z obrony Jasnej Góry przed Szwedami