Jest to jeden z ciekawszych i najstarszych krakowskich kościołów. Wzniesiony został przy starym szlaku handlowym na Ruś i Ukrainę. Na jego terenie stoją dwa niezwykłe obiekty - latarnia zmarłych i chaczkar.

Jest to jeden z ciekawszych i najstarszych krakowskich kościołów. Wzniesiony został przy starym szlaku handlowym wiodącym z Krakowa do Sandomierza i dalej na wschód - na Ruś i Ukrainę (co ciekawe, w kościele wschodnim św. Mikołaj był czczony jako patron całej Rusi i podróżujących). Najstarsze wzmianki o tym kościele pochodzą z pierwszej połowy XIII wieku - wspomniany jest w bulli papieskiej z 1229 roku jako własność oo. Benedyktynów z Tyńca. Ci przekazali go w roku 1467 Akademii Krakowskiej. Pierwotnie romański, po pożarze (1376 r.) zyskał gotycką postać. Spalony podczas oblężenia miasta przez Szwedów, odbudowany został w latach 1677-1682. Od XVI wieku był kościołem parafialnym osady Wesoła.

Dzisiejszy kościół posiada skromne, barokowe formy, poza gotyckim, wielobocznie zamkniętym i wzmocnionym przyporami prezbiterium, kryjącym też zręby pierwszej, romańskiej świątyni. W trójnawowym wnętrzu, wśród wyposażenia pochodzącego z XVI-XVIII w., szczególnie godny uwagi jest późnogotycki ołtarz (pentaptyk) ze sceną koronacji Matki Bożej. Ołtarz ten - znakomite dzieło krakowskich malarzy z końca XV wieku - przeniesiono tu ze zburzonego kościoła św. Gertrudy (miejsce, gdzie niegdyś stał, upamiętnia ulica nosząca nazwę tej świętej). Zwracają też uwagę chrzcielnica z brązu z roku 1536, późnorenesansowy nagrobek z białego marmuru i gotycki, schodkowy portal w zakrystii.

Na terenie dawnego cmentarzyku, okalającego niegdyś kościół, stoi zabytek niezwykle rzadki - XIV-wieczna, gotycka figura przydrożna, tzw. latarnia zmarłych. Latarnie takie wznoszono głównie w średniowieczu przed szpitalami, przytułkami, leprozoriami i cmentarzami, słowem wszędzie tam, gdzie na przechodniów mogło czyhać niebezpieczeństwo zakażenia. Ta latarnia ostrzegała przed przekroczeniem progów szpitala św. Walentego dla trędowatych, który do 1818 roku znajdował się na Kleparzu. W 1871 roku przeniesiono ją w obecne miejsce.

Innym niezwykłym obiektem na terenie kościoła św. Mikołaja jest chaczkar, czyli kamień krzyżowy - w kulturze ormiańskiej tradycyjna forma przypomnienia ważnych wydarzeń historycznych oraz osób zmarłych. Krakowski chaczkar upamiętnia Ormian, którzy od XIV wieku mieszkali w Polsce. Monument jest poświęcony również ofiarom ludobójstwa dokonanego na 1,5 mln Ormian w Turcji w 1915 roku. Co roku w rocznicę Genocydu (24 kwietnia) ksiądz Tadeusz Zaleski, duszpasterz Ormian w Polsce, odprawia w kościele św. Mikołaja mszę świętą w obrządku ormiańskim, w której uczestniczy m.in. ambasador Republiki Armenii w Polsce.