Изображение Божией Матери Скорбящей в краковском костеле отцов францисканцев более пятисот лет окружено почестями и культом верующих. Это связано с традицией помилования преступников, приговоренных к смертной казни.

Часовня Божией Матери Скорбящей, занимающая часть внутренних галерей францисканского монастыря, была построена в первой половине XV века. Нынешняя картина, выдержанная в позднеготическом стиле и размещенная на более позднем алтаре из черного мрамора, была написана около 1510 года. Она представляет Марию в стиле Mater Dolorosa: Богоматерь в окружении ангелов показана в выразительной, молитвенной позе, а ее усталое лицо выражает глубокое чувство боли и сострадания с Христом. Ангелы держат Инструменты Страсти (arma Christi), а впечатление боли подчеркивается мечом, пронзающим сердце Марии. Над полотном изображен Veraikon («Плат Вероники») – небольшая картина XVII века, представляющая изображение лица Христа на платке св. Вероники.

На протяжении столетий жители Кракова почитают изображение в костеле отцов францисканцев как «Опечаленную добродетельницу Кракова», а его культ особенно расцвел в эпоху барокко. В XVII-XVIII вв. перед ликом Опечаленной добродетельницы миловали приговоренных к смертной казни заключенных, которых спасало от приговора действующее при монастыре Архибратство Страстей Господних.

Когда в 1850 году картина (в очередной раз) уцелела после большого пожара этой части Кракова, в этом был замечен перст Божий и предприняты действия по ее коронации. Прославленный многочисленными чудесами и благодатями образ в 1908 году получил папскую корону, созданную по образцу анжуйской короны Ядвиги, королевы Польши, сегодня святой. Перед образом Опечаленной Благодетельницы Кракова молился Кароль Войтыла, который имел обыкновение совершать богослужение приватного Крестного пути в костеле отцов францисканцев. Будущий папа Иоанн Павел II также часто исповедовался в одной из исповедален в расположенной по правой стороне храма часовне Страстей Господних.

В францисканском костеле, в часовне Блаженной Саломеи, находятся мощи окруженной культом благословенной княгини из рода Пястов и первой польской клариссинки XIII века, сестры основателя монастыря отцов францисканцев князя Болеслава Стыдливого. Блаженной Саломее посвящен один из монументальных витражей в пресвитерии времен Молодой Польши по проекту Станислава Выспяньского.

В нефе главной базилики св. Франциска Ассизского в Кракове находится алтарь св. Максимилиана (францисканец и мученик Максимилиан Мария Кольбе отдал свою жизнь за узника в концентрационном лагере Освенцим в 1941 году), а у входа в монастырь размещена памятная доска, посвященная его служению священником в этом месте в 1919-1922 гг.