Muzeum działa przy Instytucie Systematyki i Ewolucji Zwierząt Polskiej Akademii Nauk, a jego początki sięgają 1865 roku, kiedy powstała Komisja Fizjograficzna założona przez Towarzystwo Naukowe Krakowskie i równocześnie powołano muzeum, wówczas pod nazwą Muzeum Fizjograficzne. Symbolem i wizytówką tego miejsca jest liczący ok. 30 tysięcy lat, jedyny na świecie zachowany w całości (wraz ze skórą i tkankami miękkimi) nosorożec włochaty, odkryty w 1929 roku w Staruni na terenie obecnej Ukrainy. Obok prezentowane są również m.in. kopalne szczątki mamutów i niedźwiedzia jaskiniowego. Zobaczymy tu także prezentacje poświęcone współczesnym i wymarłym mięczakom oraz minerałom i skamieniałościom. Regularnie odbywają się tu wystawy czasowe.

Bilety: normalne 30 zł, ulgowe 20 zł, rodzinne 90 zł, grupowe 18 zł