Nowoczesny kościół jest w Krakowie szczególnym miejscem kultu św. Jana Pawła II, gdyż przechowywane są tu cenne relikwie świętego.

Najcenniejszą z nich jest krew pobrana papieżowi podczas jednego z ostatnich przed śmiercią badań w klinice Gemelli. Zamknięta w szklanej szkatule ampułka z krwią została umieszczona wewnątrz marmurowego ołtarza stojącego pośrodku ośmiobocznego Kościoła Relikwii (tzw. „dolnego kościoła”). Osobisty sekretarz Jana Pawła II, kardynał Stanisław Dziwisz przekazał Sanktuarium także inną relikwię: naznaczoną krwią sutannę, którą miał na sobie św. Jan Paweł II 13 maja 1981 roku, w dniu gdy podczas audiencji generalnej na placu św. Piotra strzelał do niego zamachowiec Mehmet Ali Ağca. Relikwia znajduje się w szklanej gablocie w tzw. „kościele górnym”.

W kaplicy Kapłańskiej wierni mogą zobaczyć także płytę z grobu św. Jana Pawła II pochodzącą z Grot Watykańskich Bazyliki św. Piotra w Rzymie. Na płycie umieszczony jest relikwiarz w formie otwartego Ewangeliarza, którego strony przewracał wiatr w czasie pogrzebu Papieża.

Sanktuarium jest częścią Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!”, wciąż rozbudowywanego kompleksu na tzw. Białych Morzach, obejmującego – oprócz Sanktuarium św. Jana Pawła II – liczne instytucje katolickie, m.in. Muzeum św. Jana Pawła II.

Zobacz także:

• wieża widokowa, najwyżej położony punkt widokowy w Krakowie, z której roztacza się widok na miasto i jego okolicę, a przy dobrej pogodzie widać nawet Tatry!