Pierwsza świątynia i klasztor dla ss. Bernardynek powstały w tym miejscu w XV wieku. Kościół był drewnianą, później ceglano-kamienną konstrukcją, kilkukrotnie niszczoną przez pożary. Po ostatnim – w czasie najazdu szwedzkiego – na resztkach gotyckich murów postawiono kościół w stylu barokowym, który możemy oglądać do dziś. Bernardynki rezydowały tu do lat 80. XVIII wieku, a gdy przeniosły się do kościoła św. Józefa przy ulicy Poselskiej, świątynia i zabudowania klasztorne zaczęły niszczeć: w XIX wieku przekształcono je na austriacki magazyn, w początkach wieku XX znajdowały się w rękach prywatnych (właściciel prowadził tu skup złomu żelaznego). Wreszcie w roku 1906 dzięki zaangażowaniu Krakowskiego Towarzystwa Ochrony Zabytków budynki odkupiono, odrestaurowano i poświęcono na nowo.

Dziś jest to świątynia garnizonowa, w której od 1993 roku znajduje się sarkofag ze sprowadzonymi z Wielkiej Brytanii prochami Józefa Hallera, bohatera narodowego, twórcy tzw. Błękitnej Armii we Francji w okresie pierwszej wojny światowej.

Błękitna Armia powstała poprzez ochotniczy zaciąg spośród Polaków służących w wojsku francuskim, byłych polskich jeńców wojennych z armii austro-węgierskiej i niemieckiej oraz Polonii z USA i Brazylii. W 1918 roku została uznana przez państwa Ententy za samodzielną, sojuszniczą i jedyną współwalczącą armię polską. Jej oddziały pod dowództwem Hallera walczyły na froncie zachodnim w Wogezach i Szampanii. Zakończenie wojny nie przerwało rozbudowy armii, a do czerwca 1919 roku armia została wraz z całym sprzętem przetransportowana do Polski. Jej nowoczesne uzbrojenie, które zapewniła w całości Francja (zwłaszcza samoloty i czołgi Renault FT-17) wydatnie wzmocniły tworzące się wówczas Wojsko Polskie.